Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 7

W dniu 3 nie znaleziono krążących pasożytów krwi w próbkach pobranych od 1533 afrykańskich pacjentów w 25 krajach, z wyjątkiem 9 pacjentów, z których każdy nosił allel typu dzikiego. 9 pacjentów z Afryki, którzy nosili allel A578S w dniu 0, byli wolne od pasożyta w dniu 3. Dyskusja
W tym badaniu podjęliśmy próbę profilowania globalnej dystrybucji polimorfizmów K13. Zakres tego badania, obejmujący 163 miejsca, z których pobrano próbki do mapowania molekularnego i 36 krajów z danymi dotyczącymi skuteczności terapeutycznej, doprowadził nas do wniosku, że oporność na artemizynę ogranicza się do Azji Południowo-Wschodniej i Chin, gdzie mutacje K13 związane z opornością osiągnęły średnią częstotliwość do utrwalenie. Stan ten kontrastuje z sytuacją w Ameryce Południowej, Oceanii, na Filipinach oraz w Azji Środkowej i Południowej, które zasadniczo nie zawierają niesynonimowych mutacji K13. W Afryce zaobserwowaliśmy wiele wysoce zróżnicowanych, mało częstotliwościowych, niesynonimowych mutacji, chociaż żadna z tych mutacji nie była związana z opornością na artemizynynę kliniczną, co oceniono na podstawie obecności pasożytów w dniu 3 po monoterapii artesuczanem lub 3-dniowym leczeniu opartym na artemisyninie . Nie widzieliśmy dowodów na inwazję na Afrykę przez azjatyckie allele oporowe, co było zgodne z wynikami wcześniejszych mniejszych badań.35-38,40,41,44,58,59 Na koniec nie zaobserwowano żadnej pozytywnej selekcji poza w Azji, która nie wskazuje na bezpośrednie zagrożenie skuteczności artemizyniny w większości krajów, w których malaria jest chorobą endemiczną. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 7

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 6

Allele P553L rozdzielono w dwóch obszarach (Figura 3). W Afryce nie zaobserwowano żadnego azjatyckiego allela oporności na artemizynę wśród sekwencji 9542, ale zidentyfikowano 150 różnych alleli, z których 92% znaleziono tylko w jednej lub dwóch próbkach. Poza A578S, V589I, S522C, V534A, F583L i G665C większość alleli była specyficzna dla Afryki i zlokalizowana. A578S, który był czwarty pod względem liczebności wśród izolatów zmutowanych, zaobserwowano w próbce z Tajlandii i 41 próbek z Afryki (tabele S6 i S7 w dodatkowym dodatku).
Nowe pojawienie się lub rozpowszechnianie.
Zbadaliśmy genetyczne pokrewne izolaty niosące tę samą częstą mutację K13 przez ocenę polimorfizmu dwóch sąsiednich loci. Zaobserwowaliśmy 10 alleli dla alleli K13_151 i 42 dla K13_159, w wyniku których uzyskano 80 flankujących haplotypów (tabele S8 i S9 w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 6

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 5

Wartości procentowe dla Czadu i Gambii pochodziły z próbki o wielkości mniejszej niż 50. Szczegóły dotyczące pobierania próbek i zróżnicowania K13 w zależności od kraju podano w tabelach S4, S5 i S7 oraz na rysunku S3 w dodatkowym dodatku. CAR oznacza Republikę Środkowoafrykańską. Ryc. 2. Ryc. 2. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 5

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller czesc 4

Zebraliśmy 4156 próbek w 2012 r., 6440 próbek w 2013 r. I 1671 próbek w 2014 r. (> 87% wszystkich próbek). Dane dotyczące wielkości próby, proporcji płci, wieku i zakresu parazytemii według miejsca badania podano w tabeli S4 w dodatkowym dodatku. K13 – Polimorfizmy sekwencji śmigła
Sekwencje wygenerowano dla 13,157 (93,7%) próbek; 880 próbek z 35 miejsc miało sekwencje, których nie można było zinterpretować z powodu złej jakości lub niewystarczającej ilości DNA. Prawie wszystkie próbki (99,2%) zawierały pojedynczy allel K13; 108 spośród 111 zakażeń poliklonalnych zidentyfikowano w próbkach pobranych w Afryce. Mniejszy allel w mieszanej próbce został wykryty, gdy jego udział wynosił ponad 20% (ryc. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller czesc 4