Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller czesc 4

Zebraliśmy 4156 próbek w 2012 r., 6440 próbek w 2013 r. I 1671 próbek w 2014 r. (> 87% wszystkich próbek). Dane dotyczące wielkości próby, proporcji płci, wieku i zakresu parazytemii według miejsca badania podano w tabeli S4 w dodatkowym dodatku. K13 – Polimorfizmy sekwencji śmigła
Sekwencje wygenerowano dla 13,157 (93,7%) próbek; 880 próbek z 35 miejsc miało sekwencje, których nie można było zinterpretować z powodu złej jakości lub niewystarczającej ilości DNA. Prawie wszystkie próbki (99,2%) zawierały pojedynczy allel K13; 108 spośród 111 zakażeń poliklonalnych zidentyfikowano w próbkach pobranych w Afryce. Mniejszy allel w mieszanej próbce został wykryty, gdy jego udział wynosił ponad 20% (ryc. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller czesc 4

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller cd

Przeanalizowaliśmy elektroforogramy na obu niciach, wykorzystując PF3D7_1343700 jako sekwencję odniesienia. Przeprowadziliśmy zewnętrzną ocenę jakości, która obejmowała badanie biegłości (w którym 6 ślepych próbek kontroli jakości zostało przetestowanych w każdej 96-dołkowej płytce do sekwencjonowania przez każdego partnera) oraz zewnętrzna kontrola jakości (w której 359 próbek krwi [2,6%] zostało niezależnie przebadanych ponownie) ( Rys. Izolaty z mieszanymi allelami zostały uznane za zmutowane w celu oszacowania częstości mutacji. Zmieniono loci PF3D7_1337500 (K13_151) i PF3D7_1339700 (K13_159) (Tabela S2 w dodatkowym dodatku) i sekwencje DNA analizowano jak wskazano powyżej. Poszczególne allele zidentyfikowano dla każdego locus i wygenerowanych haplotypów.
Edycja genów A578S
Przeprowadziliśmy inżynierię nukleotydową palca cynkowego, konstrukcję plazmidu i edycję genu linii Dd2 (która została zebrana w Indochinach) z mutacją A578S .5 Ocenialiśmy podatność in vitro na artemizynę z mutacji Dd2 A578S, rodzica Dd2, oraz mutacja Dd2 C580Y (jako kontrola pozytywna), z zastosowaniem testu przeżywalności na etapie pierścienia (RSA) przeprowadzonego w krwinkach czerwonych, które zostały zarażone pasożytem malarii w jego stadium pierścienia (stadium rozwojowe, które jest związane z opornością na artemisinin) dla szacowany od 0 do 3 godzin. Komórki następnie eksponowano na dihydroartemizyninę (główny metabolit wszystkich pochodnych artemisinin), a podatność na lek mierzono po 72 godzinach. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller cd

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad

Ryzyko pojawienia się lub rozpowszechnienia oporności doprowadziło do wzmożonych wysiłków mających na celu śledzenie oporności na artemizyninę we wszystkich obszarach geograficznych, na których malaria jest chorobą endemiczną. Zastosowanie wskaźnika molekularnego oporności na artemizynę jest szczególnie aktualne, ponieważ konieczne jest szybkie, szerokie badanie przesiewowe, aby zapewnić wczesne ostrzeganie przed pojawieniem się lub inwazją. Aby ocenić globalną dystrybucję polimorfizmów K13, uruchomiliśmy w 2014 roku badanie K13 Artemisinin Resistance Multicenter Assessment (KARMA), w którym analizowaliśmy pasożyty, które zostały zebrane z regionów, w których malaria jest endemiczna, przy użyciu specjalnego zestawu narzędzi molekularnych i procedur walidacji dla sekwencji dane. Sekwencjonowanie domeny napędowej K13 połączono z analizą flankujących haplotypów w celu ustalenia pochodzenia i rozpowszechnienia konkretnych mutacji. Przeprowadziliśmy edycję genomu, aby potwierdzić fenotypowy efekt najczęstszej afrykańskiej mutacji A578S. Ta ogólnoświatowa ankieta została opracowana w celu dostarczenia kluczowych informacji dla decydentów narkotykowych oraz w celu zarysowania metod przyszłych działań w zakresie nadzoru.
Metody
Projekt badania, pobieranie próbek i nadzór
Badacze z Institut Pasteur w Paryżu i Kambodży zaprojektowali badanie koordynowane przez oddział w Kambodży. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller

Niedawne korzyści z ograniczenia globalnego obciążenia malarią są zagrożone przez pojawienie się oporności na artemisyniny wywołanej przez Plasmodium falciparum. Odkrycie, że mutacje w częściach genu P. falciparum kodującego domeny selekcyjne kelch (K13) są głównymi determinantami oporności zapewniły możliwości monitorowania takiego oporu w skali globalnej. Metody
Przeanalizowaliśmy polimorfizm sekwencji śmigłowców K13 w 14 037 próbkach zebranych w 59 krajach, w których malaria jest chorobą endemiczną. Większość próbek (84,5%) uzyskano od pacjentów leczonych na stanowiskach wartowniczych stosowanych do ogólnokrajowego nadzoru oporności na leki przeciwmalaryczne. Oceniliśmy pojawienie się i rozprzestrzenienie mutacji przez haplotypowanie sąsiednich loci.
Wyniki
Zidentyfikowaliśmy 108 niesynonimowych mutacji K13, które wykazały wyraźne różnice geograficzne w ich częstotliwości i rozmieszczeniu. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 8

Stężenie tryptazy w surowicy i obciążenie komórek tucznych w szpiku kostnym zmniejszyły się o co najmniej 50% u większości pacjentów, a to ostatnie stwierdzenie było niezależnym wskaźnikiem dłuższego całkowitego przeżycia (wraz z odpowiedzią) w analizie wieloczynnikowej. Oprócz zmniejszenia splenomegalii midostauryna wiązała się z istotnymi klinicznie korzyściami w odniesieniu do zgłaszanych przez pacjenta objawów i jakości życia, które mogą być związane z połączonym działaniem hamującym proliferację nowotworowych komórek tucznych i uwalnianiem mediatora. Reakcja na midostaurynę wiązała się ze zmniejszeniem ryzyka zgonu, które było szczególnie uderzające u pacjentów z białaczką mastocytarną: ci, którzy mieli odpowiedź, mieli znacznie mniejsze ryzyko niż ci, którzy nie mieli odpowiedzi. Chociaż historyczne porównania dotyczące przeżycia pacjentów z białaczką mastocytarną są trudne ze względu na ich biologiczną i kliniczną niejednorodność, 10-12,34 odnotowano medianę całkowitego przeżycia od 2 do 6 miesięcy dla tych pacjentów, w tym u tych, którzy przeszli allogeniczni hematopoetycznie przeszczep komórek macierzystych.34
Mediana całkowitego czasu przeżycia bez progresji u pacjentów z układową mastocytozą z towarzyszącym nowotworem hematologicznym była mniej korzystna niż u pacjentów bez takiego nowotworu, z 12 z 13 przypadków wtórnej ostrej białaczki szpikowej rozwijających się u pacjentów z powiązanym nowotworem hematologicznym. Wskaźnik transformacji białaczki wynoszący 11% jest taki sam, jak obserwowany u pacjentów z zaawansowaną mastocytozą ogólną w badaniu Mayo Clinic10. Analiza mutacji KIT lub innych genów mieloidalnych może pomóc w wyjaśnieniu podstawy progresji choroby.35-37 U pacjentów z układową mastocytozę z towarzyszącym nowotworem hematologicznym, która ma odpowiedniego dawcę, względne korzyści midostauryny należy porównać z przeszczepami, co wiązało się z zachęcaniem do wyników w tej podgrupie.34
Najczęstsze działania niepożądane podczas leczenia midostauryną – nudności, wymioty i biegunka o niskim stopniu złośliwości – zwykle reagowały na leki przeciwwymiotne i podawanie midostauryny podczas posiłków. Mielosupresja stopnia 3 lub 4 podczas leczenia występowała częściej u pacjentów, którzy mieli wyjściowo cytopenie; rozróżnienie, czy nowe przypadki cytopenii są związane z midostauryną, czy z progresją choroby, jest często trudne. Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 8

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 7

W momencie, gdy odnotowano najlepszy łączny wynik w Skali Oceny Objawów Pamięci, 30 z 32 objawów uległo zmniejszeniu; objawy, które nie zmniejszyły się, to nudności i wymioty, które są zdarzeniami niepożądanymi, o których wiadomo, że są związane z midostauryną. Całkowite wyniki oraz wskaźniki fizyczne, psychologiczne i globalne wskazywały na wyniki w Skali Oceny Objawów Pamięci oraz wynikach fizycznych i umysłowych złożonych wyników w SF-12, wszystkie wykazały znaczną poprawę w stosunku do midostauryny. Dodatkowe szczegóły dotyczące zgłaszanych przez pacjenta wyników przedstawiono na rysunku S12 w Dodatku uzupełniającym. Bezpieczeństwo
Tabela 3. Tabela 3. Niehematologiczne zdarzenia niepożądane i nowe lub nasilające się nieprawidłowości hematologiczne w populacji, która wymaga leczenia. Najczęstszymi niehematologicznymi zdarzeniami niepożądanymi były nudności (79%), wymioty (66%) i biegunka (54%); wskaźniki zdarzeń 3 lub 4 stopnia podejrzewanych o związek z lekiem wynosiły odpowiednio 6%, 6% i 3%. Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 7

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 6

(Dodatkowe szczegóły dotyczące całkowitego przeżycia według odpowiedzi, patrz: rys. S7 w dodatkowym dodatku). W analizie wieloczynnikowej podtyp zaawansowanej mastocytozy układowej innej niż białaczka mastocytarna był związany z dłuższym całkowitym przeżyciem niż białaczka z komórek tucznych (współczynnik ryzyka zgonu, 0,37; P = 0,04), a ekspozycja na poprzednią terapię była związana z krótsze przeżycie całkowite niż brak ekspozycji na wcześniejszą terapię (współczynnik ryzyka 2,33; P = 0,02). Wyniki, które były związane z dłuższym całkowitym czasem przeżycia, to odpowiedź w porównaniu z brakiem odpowiedzi (współczynnik ryzyka, 0,44; P = 0,03) i zmniejszenie obciążenia kością masztową szpiku kostnego o 50% lub więcej w porównaniu z mniej niż 50% (współczynnik ryzyka, 0,33; P = 0,01) (tabela S10 w dodatkowym dodatku).
Wpływ Midostaurin na obciążenie komórek tucznych szpiku kostnego, markery laboratoryjne i objętość śledziony
Ryc. 2. Ryc. Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 6

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 5

Trzech z 12 pacjentów (25%), którzy odnotowali medyczną utratę co najmniej 10% masy ciała w ciągu 6 miesięcy przed wejściem do badania, odzyskało utraconą wagę; w tej grupie mediana względnej zmiany masy ciała podczas pierwszych 12 cykli wynosiła 8,6% (zakres od -7,5 do 44,6), a mediana bezwzględnej zmiany masy wynosiła 5,5 kg (zakres od -7,0 do 25,9). Korzyści w odniesieniu do masy ciała i czynności wątroby były zbieżne z normalizacją poziomu albuminy u 58% pacjentów, którzy mieli hipoalbuminemię na początku badania. U 58 pacjentów z co najmniej dwoma wynikami C na początku badania u 40% wystąpiły odpowiedzi dotyczące co najmniej dwóch rodzajów uszkodzenia narządów (tabela S9 w dodatkowym dodatku). Ogólnie rzecz biorąc i przeżycie bez progresji
Rysunek 1. Ryc. 1. Przeżycie całkowite i przeżycie bez progresji.Panel A pokazuje całkowity czas przeżycia w populacji, która ma zamiar leczyć (116 pacjentów) i pierwotnej populacji skuteczności (89 pacjentów). Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 5

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej czesc 4

Wyjściową charakterystykę podano w tabeli 1, a tabele S6 i S7 w dodatkowym dodatku. Powodów, dla których pacjentów nie można było ocenić pod względem odpowiedzi, był brak mierzalnych wyników C (u 14 pacjentów) i mierzalne wartości C, które uznano za niezwiązane z mastocytozą (u 13 pacjentów) (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym) . Skuteczność
Ogólna odpowiedź
Tabela 2. Tabela 2. Najlepsza ogólna odpowiedź na midostaurynę w populacji osób z pierwotną skutecznością. Na koniec etapu (40 pacjentów) odsetek odpowiedzi wynosił 60% (95% przedział ufności [CI], 43 do 75), co znacznie większy niż wcześniej określony próg 30% dla odrzucenia hipotezy zerowej (P <0,001). Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej czesc 4

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej cd

Pierwszorzędny wynik został oceniony przez komitet sterujący za pomocą zmodyfikowanych kryteriów odpowiedzi Valenta1 i kryteriów Chesona dla transfuzji.26,27 Ogólny wskaźnik odpowiedzi reprezentuje odsetek pacjentów, których najlepsza ogólna odpowiedź była główną odpowiedzią (zdefiniowaną jako całkowita rozdzielczość . znalezienie C) lub częściową odpowiedź (zdefiniowaną jako> 50% poprawa w wykryciu .1 C [dobra odpowiedź częściowa] lub jako> 20% do <50% poprawa w .1 znalezieniu C [niewielka częściowa odpowiedź]). Drugorzędne wyniki obejmowały całkowite przeżycie, przeżycie wolne od progresji, czas trwania odpowiedzi, bezpieczeństwo i efekty toksyczne. Wyniki badawcze obejmowały objawy zgłaszane przez pacjentów (ocenione za pomocą skali oceny objawów) 28 oraz jakość życia (oceniano za pomocą 12-punktowej oceny stanu skróconego postaci badania lekarskiego [SF-12]). Szczegóły tych wyników znajdują się w Dodatku Uzupełniającym. Skuteczność wyników była oparta na pierwotnej populacji skuteczności, o ile nie wskazano inaczej, podczas gdy wyniki dotyczące bezpieczeństwa, działania toksycznego i jakości życia są zgłaszane dla wszystkich pacjentów. Oceny
Kwalifikowalność została określona podczas 30-dniowego okresu przeglądu. Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej cd