Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad

Ryzyko pojawienia się lub rozpowszechnienia oporności doprowadziło do wzmożonych wysiłków mających na celu śledzenie oporności na artemizyninę we wszystkich obszarach geograficznych, na których malaria jest chorobą endemiczną. Zastosowanie wskaźnika molekularnego oporności na artemizynę jest szczególnie aktualne, ponieważ konieczne jest szybkie, szerokie badanie przesiewowe, aby zapewnić wczesne ostrzeganie przed pojawieniem się lub inwazją. Aby ocenić globalną dystrybucję polimorfizmów K13, uruchomiliśmy w 2014 roku badanie K13 Artemisinin Resistance Multicenter Assessment (KARMA), w którym analizowaliśmy pasożyty, które zostały zebrane z regionów, w których malaria jest endemiczna, przy użyciu specjalnego zestawu narzędzi molekularnych i procedur walidacji dla sekwencji dane. Sekwencjonowanie domeny napędowej K13 połączono z analizą flankujących haplotypów w celu ustalenia pochodzenia i rozpowszechnienia konkretnych mutacji. Przeprowadziliśmy edycję genomu, aby potwierdzić fenotypowy efekt najczęstszej afrykańskiej mutacji A578S. Ta ogólnoświatowa ankieta została opracowana w celu dostarczenia kluczowych informacji dla decydentów narkotykowych oraz w celu zarysowania metod przyszłych działań w zakresie nadzoru.
Metody
Projekt badania, pobieranie próbek i nadzór
Badacze z Institut Pasteur w Paryżu i Kambodży zaprojektowali badanie koordynowane przez oddział w Kambodży. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller

Niedawne korzyści z ograniczenia globalnego obciążenia malarią są zagrożone przez pojawienie się oporności na artemisyniny wywołanej przez Plasmodium falciparum. Odkrycie, że mutacje w częściach genu P. falciparum kodującego domeny selekcyjne kelch (K13) są głównymi determinantami oporności zapewniły możliwości monitorowania takiego oporu w skali globalnej. Metody
Przeanalizowaliśmy polimorfizm sekwencji śmigłowców K13 w 14 037 próbkach zebranych w 59 krajach, w których malaria jest chorobą endemiczną. Większość próbek (84,5%) uzyskano od pacjentów leczonych na stanowiskach wartowniczych stosowanych do ogólnokrajowego nadzoru oporności na leki przeciwmalaryczne. Oceniliśmy pojawienie się i rozprzestrzenienie mutacji przez haplotypowanie sąsiednich loci.
Wyniki
Zidentyfikowaliśmy 108 niesynonimowych mutacji K13, które wykazały wyraźne różnice geograficzne w ich częstotliwości i rozmieszczeniu. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller

Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 8

Stężenie tryptazy w surowicy i obciążenie komórek tucznych w szpiku kostnym zmniejszyły się o co najmniej 50% u większości pacjentów, a to ostatnie stwierdzenie było niezależnym wskaźnikiem dłuższego całkowitego przeżycia (wraz z odpowiedzią) w analizie wieloczynnikowej. Oprócz zmniejszenia splenomegalii midostauryna wiązała się z istotnymi klinicznie korzyściami w odniesieniu do zgłaszanych przez pacjenta objawów i jakości życia, które mogą być związane z połączonym działaniem hamującym proliferację nowotworowych komórek tucznych i uwalnianiem mediatora. Reakcja na midostaurynę wiązała się ze zmniejszeniem ryzyka zgonu, które było szczególnie uderzające u pacjentów z białaczką mastocytarną: ci, którzy mieli odpowiedź, mieli znacznie mniejsze ryzyko niż ci, którzy nie mieli odpowiedzi. Chociaż historyczne porównania dotyczące przeżycia pacjentów z białaczką mastocytarną są trudne ze względu na ich biologiczną i kliniczną niejednorodność, 10-12,34 odnotowano medianę całkowitego przeżycia od 2 do 6 miesięcy dla tych pacjentów, w tym u tych, którzy przeszli allogeniczni hematopoetycznie przeszczep komórek macierzystych.34
Mediana całkowitego czasu przeżycia bez progresji u pacjentów z układową mastocytozą z towarzyszącym nowotworem hematologicznym była mniej korzystna niż u pacjentów bez takiego nowotworu, z 12 z 13 przypadków wtórnej ostrej białaczki szpikowej rozwijających się u pacjentów z powiązanym nowotworem hematologicznym. Wskaźnik transformacji białaczki wynoszący 11% jest taki sam, jak obserwowany u pacjentów z zaawansowaną mastocytozą ogólną w badaniu Mayo Clinic10. Analiza mutacji KIT lub innych genów mieloidalnych może pomóc w wyjaśnieniu podstawy progresji choroby.35-37 U pacjentów z układową mastocytozę z towarzyszącym nowotworem hematologicznym, która ma odpowiedniego dawcę, względne korzyści midostauryny należy porównać z przeszczepami, co wiązało się z zachęcaniem do wyników w tej podgrupie.34
Najczęstsze działania niepożądane podczas leczenia midostauryną – nudności, wymioty i biegunka o niskim stopniu złośliwości – zwykle reagowały na leki przeciwwymiotne i podawanie midostauryny podczas posiłków. Mielosupresja stopnia 3 lub 4 podczas leczenia występowała częściej u pacjentów, którzy mieli wyjściowo cytopenie; rozróżnienie, czy nowe przypadki cytopenii są związane z midostauryną, czy z progresją choroby, jest często trudne. Czytaj dalej Skuteczność i bezpieczeństwo stosowania midostauryny w zaawansowanej mastocytozie układowej ad 8

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 9

Po trzecie, w niektórych krajach liczba dostępnych próbek była niewielka. Liczba miejsc badanych w Afryce Wschodniej, na Filipinach, w Indonezji i Ameryce Południowej musi zostać zwiększona w przyszłych badaniach, chociaż wciąż możemy rozróżnić wyraźne wzorce geograficzne w dystrybucji haplotypów. Badacze powinni być w stanie wdrożyć zestaw narzędzi K13 w terenie. Oczekujemy, że przyszły nadzór wypełni luki w istniejącej mapie. Ryc. 4. Ryc. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 9

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 8

Liczne zdarzenia niezależnego pojawienia się zaobserwowano bez dowodów upowszechniania. Odkrycia te są zgodne z wrażliwym fenotypem jednego pasożyta Ugandyjskiego A578S widocznego na RSA przeprowadzonego ex vivo (tj. W próbkach pobranych bezpośrednio od pacjentów) 36 lub braku związku z infekcjami wolno-oczyszczającymi we wcześniejszych badaniach.12,31. z wyjątkiem jednego z ostatnich badań z udziałem kilku ciężko chorych dzieci 44 dostępne dane sugerują, że A578S nie jest mutacją oporności na artemisininę. Oprócz dziewięciu pacjentów, którzy nosili allele typu K13 dzikiego, w dniu 3 wśród afrykańskich pacjentów nie było dodatniego wyniku. Wynik ten jest zgodny z ustaleniem, że duża liczba rzadkich alleli K13 jest neutralna pod względem podatności na artemizynę i z brakiem dowodów na selekcję opartą na artemisininie w locus K13 w Afryce (Tabela S5 w Dodatku Aneks). Jednak kliniczne wykrywanie oporności na artemizynę w Afryce jest skomplikowane ze względu na wkład nabytej odporności i utrzymującą skuteczność leków partnerskich (amodiachina i lumefantryna) na klirens pasożyta. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 8

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 7

W dniu 3 nie znaleziono krążących pasożytów krwi w próbkach pobranych od 1533 afrykańskich pacjentów w 25 krajach, z wyjątkiem 9 pacjentów, z których każdy nosił allel typu dzikiego. 9 pacjentów z Afryki, którzy nosili allel A578S w dniu 0, byli wolne od pasożyta w dniu 3. Dyskusja
W tym badaniu podjęliśmy próbę profilowania globalnej dystrybucji polimorfizmów K13. Zakres tego badania, obejmujący 163 miejsca, z których pobrano próbki do mapowania molekularnego i 36 krajów z danymi dotyczącymi skuteczności terapeutycznej, doprowadził nas do wniosku, że oporność na artemizynę ogranicza się do Azji Południowo-Wschodniej i Chin, gdzie mutacje K13 związane z opornością osiągnęły średnią częstotliwość do utrwalenie. Stan ten kontrastuje z sytuacją w Ameryce Południowej, Oceanii, na Filipinach oraz w Azji Środkowej i Południowej, które zasadniczo nie zawierają niesynonimowych mutacji K13. W Afryce zaobserwowaliśmy wiele wysoce zróżnicowanych, mało częstotliwościowych, niesynonimowych mutacji, chociaż żadna z tych mutacji nie była związana z opornością na artemizynynę kliniczną, co oceniono na podstawie obecności pasożytów w dniu 3 po monoterapii artesuczanem lub 3-dniowym leczeniu opartym na artemisyninie . Nie widzieliśmy dowodów na inwazję na Afrykę przez azjatyckie allele oporowe, co było zgodne z wynikami wcześniejszych mniejszych badań.35-38,40,41,44,58,59 Na koniec nie zaobserwowano żadnej pozytywnej selekcji poza w Azji, która nie wskazuje na bezpośrednie zagrożenie skuteczności artemizyniny w większości krajów, w których malaria jest chorobą endemiczną. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 7

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 6

Allele P553L rozdzielono w dwóch obszarach (Figura 3). W Afryce nie zaobserwowano żadnego azjatyckiego allela oporności na artemizynę wśród sekwencji 9542, ale zidentyfikowano 150 różnych alleli, z których 92% znaleziono tylko w jednej lub dwóch próbkach. Poza A578S, V589I, S522C, V534A, F583L i G665C większość alleli była specyficzna dla Afryki i zlokalizowana. A578S, który był czwarty pod względem liczebności wśród izolatów zmutowanych, zaobserwowano w próbce z Tajlandii i 41 próbek z Afryki (tabele S6 i S7 w dodatkowym dodatku).
Nowe pojawienie się lub rozpowszechnianie.
Zbadaliśmy genetyczne pokrewne izolaty niosące tę samą częstą mutację K13 przez ocenę polimorfizmu dwóch sąsiednich loci. Zaobserwowaliśmy 10 alleli dla alleli K13_151 i 42 dla K13_159, w wyniku których uzyskano 80 flankujących haplotypów (tabele S8 i S9 w dodatkowym dodatku). Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 6

Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 5

Wartości procentowe dla Czadu i Gambii pochodziły z próbki o wielkości mniejszej niż 50. Szczegóły dotyczące pobierania próbek i zróżnicowania K13 w zależności od kraju podano w tabelach S4, S5 i S7 oraz na rysunku S3 w dodatkowym dodatku. CAR oznacza Republikę Środkowoafrykańską. Ryc. 2. Ryc. 2. Czytaj dalej Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad 5

Oczekiwana długość życia po zawale mięśnia sercowego, zgodnie z wynikami szpitala ad

Alternatywnie, pacjenci leczeni w szpitalach o wysokiej skuteczności mogą mieć korzyści w zakresie przetrwania, które utrzymują się z czasem, co sugerowałoby, że różnice w jakości świadczonej opieki dawałyby pierwsze korzyści, które z czasem utrzymają się. W związku z tym wykorzystaliśmy dane ze wspólnego projektu kardiologicznego (CCP), dużego, reprezentatywnego w skali kraju badania kohortowego beneficjentów programu Medicare, hospitalizowanych z powodu ostrego zawału mięśnia sercowego i mających ponad 17-letnią obserwację, w celu oceny związku między szpitalem 30. z dnia na dzień standardowe wskaźniki umieralności i oczekiwana długość życia po ostrym zawale mięśnia sercowego. Wybraliśmy ostry zawał mięśnia sercowego, ponieważ był to jeden z pierwszych warunków, dla których opracowano 30-dniowe standaryzowane ryzyka umieralności oraz ze względu na znaczną heterogeniczność standaryzowanego ryzyka umieralności w szpitalach. Wykorzystaliśmy średnią długość życia do pomiaru długoterminowego przeżycia, ponieważ jest to łatwo interpretowalna miara, która ma znaczenie dla pacjentów i może być wykorzystana do obliczenia lat życia zaoszczędzonych przez leczenie w szpitalach o wysokiej skuteczności w porównaniu ze szpitalami o niskiej skuteczności.
Metody
Opracowanie i prowadzenie badań
Badanie zostało zaprojektowane przez wszystkich autorów i zostało zatwierdzone przez instytutowy zespół kontrolny na Uniwersytecie Yale. Dane uzyskano dzięki umowie z Qualidigm, organizacją zajmującą się poprawą jakości, która zawiera umowy z Medicare w zakresie analizy i udostępniania danych. Czytaj dalej Oczekiwana długość życia po zawale mięśnia sercowego, zgodnie z wynikami szpitala ad

Oczekiwana długość życia po zawale mięśnia sercowego, zgodnie z wynikami szpitala

Trzydziestodniowe standaryzowane ryzyka umieralności po ostrym zawale mięśnia sercowego są powszechnie stosowane do oceny i porównywania wyników szpitalnych. Nie wiadomo jednak, czy różnice we wczesnym okresie przeżycia pacjentów z ostrym zawałem serca wiążą się z różnicami w długoterminowym przeżyciu. Metody
Przeanalizowaliśmy dane ze wspólnego projektu sercowo-naczyniowego, badania beneficjentów Medicare, którzy byli hospitalizowani z powodu ostrego zawału mięśnia sercowego w latach 1994-1996 i którzy mieli 17 lat obserwacji. Grupowaliśmy szpitale na pięć warstw, które opierały się na ciężkości przypadków. W każdej warstwie mix-case porównaliśmy długość życia pacjentów przyjmowanych do szpitali o wysokiej skuteczności z przewidywaną długością życia pacjentów hospitalizowanych w szpitalach o niskiej skuteczności. Wydajność szpitala została określona przez kwintyle 30-dniowej standaryzacji ryzyka umieralności. Modele proporcjonalnego hazardu Coxa zostały użyte do obliczenia oczekiwanej długości życia. Czytaj dalej Oczekiwana długość życia po zawale mięśnia sercowego, zgodnie z wynikami szpitala