Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller czesc 4

Zebraliśmy 4156 próbek w 2012 r., 6440 próbek w 2013 r. I 1671 próbek w 2014 r. (> 87% wszystkich próbek). Dane dotyczące wielkości próby, proporcji płci, wieku i zakresu parazytemii według miejsca badania podano w tabeli S4 w dodatkowym dodatku. K13 – Polimorfizmy sekwencji śmigła
Sekwencje wygenerowano dla 13,157 (93,7%) próbek; 880 próbek z 35 miejsc miało sekwencje, których nie można było zinterpretować z powodu złej jakości lub niewystarczającej ilości DNA. Prawie wszystkie próbki (99,2%) zawierały pojedynczy allel K13; 108 spośród 111 zakażeń poliklonalnych zidentyfikowano w próbkach pobranych w Afryce. Mniejszy allel w mieszanej próbce został wykryty, gdy jego udział wynosił ponad 20% (ryc. S4 w dodatkowym dodatku).
Ogółem 1250 próbek (9,5%) miało 1295 mutacji K13, w tym 1097 (84,7%) z niesynonimicznymi mutacjami i 198 (15,3%) z mutacjami synonimicznymi; Zidentyfikowano 186 alleli (tabela S5 i ryc. S5 w dodatkowym dodatku). Wśród tych alleli było 108 niesynonimowych mutacji, z których 70 zostało niedawno zidentyfikowanych, a 38 było wśród 103, które zostały wcześniej zgłoszone.12,14,17,24,8,31-35,37-40,51-57 Tylko 9 mutacje niesynonimiczne (C580Y, F446I, R539T, A578S, Y493H, P574L, P553L, N458Y i R561H) miały częstość większą niż 1%; 72 allele zaobserwowano tylko raz (tabele S6 i S7 w dodatkowym dodatku).
Występowała znaczna różnica geograficzna w proporcji i rozkładzie polimorfizmów K13. Mierzyliśmy różnorodność nukleotydów, różnorodność haplotypów i współczynnik D Tajimy, aby podkreślić specyficzną dla kontynentu częstotliwość zmutowanych alleli (ryc. S6 w dodatku uzupełniającym). Spośród 1097 niesynonimicznych mutacji zaobserwowano 957 (87,2%) próbek pobranych w Azji, a 169 z 198 mutacji synonimicznych (85,4%) zaobserwowano w próbkach pobranych w Afryce.
Dystrybucja kontynentalna i proporcja mutacji K13-śmigło
Ryc. 1. Ryc. 1. Mutacje niesynonimiczne K13, w zależności od kraju i kontynentu. Przedstawiono odsetki niesynonimowych mutacji, które zidentyfikowano w części genu Pl3 Plasmodium falciparum kodującego domenę kelczno-śrubową w Azji, Afryce, Ameryce Południowej, i Oceania. Nie wskazano mutacji synonimicznych, które nie modyfikują sekwencji białka. Obecnie wszystkie mutacje związane z opornością na pochodne artemizyniny spowodowały niesynonimowe zmiany aminokwasów. Czarne kółka wskazują na mediany, a I na odległość pasma międzykwartylowe dla każdego kontynentu. Nieokreślone mutacje K13 nie zostały wykryte w 27 krajach, z których otrzymano próbki (19 w Afryce, 2 w Azji, w Oceanii i 5 w Ameryce Południowej). Nazwy nie są pokazywane (z powodu braku miejsca) dla następujących krajów: w Azji: Afganistan, Iran, Bangladesz, Nepal, Indonezja i Filipiny; w Afryce: Kamerun, Kongo, Demokratyczna Republika Konga, Gwinea Równikowa, Gabon, Burundi, Etiopia, Rwanda, Sudan, Sudan Południowy, Somalia, Tanzania, Uganda, Madagaskar, Angola, Malawi, Mozambik, RPA, Zimbabwe, Benin, Burkina Faso, Ghana, Gwinea Bissau, Wybrzeże Kości Słoniowej, Liberia, Mali, Mauretania, Niger, Nigeria, Senegal, Sierra Leone i Togo; w Ameryce Południowej: Brazylia, Kolumbia, Ekwador, Gujana Francuska, Peru i Wenezuela; oraz w Oceanii: Papua Nowa Gwinea i Wyspy Salomona
[podobne: Ginekolog łódź, ginekolog, dieta w ciąży ]

Powiązane tematy z artykułem: dieta w ciąży ginekolog Ginekolog łódź