Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller cd

Przeanalizowaliśmy elektroforogramy na obu niciach, wykorzystując PF3D7_1343700 jako sekwencję odniesienia. Przeprowadziliśmy zewnętrzną ocenę jakości, która obejmowała badanie biegłości (w którym 6 ślepych próbek kontroli jakości zostało przetestowanych w każdej 96-dołkowej płytce do sekwencjonowania przez każdego partnera) oraz zewnętrzna kontrola jakości (w której 359 próbek krwi [2,6%] zostało niezależnie przebadanych ponownie) ( Rys. Izolaty z mieszanymi allelami zostały uznane za zmutowane w celu oszacowania częstości mutacji. Zmieniono loci PF3D7_1337500 (K13_151) i PF3D7_1339700 (K13_159) (Tabela S2 w dodatkowym dodatku) i sekwencje DNA analizowano jak wskazano powyżej. Poszczególne allele zidentyfikowano dla każdego locus i wygenerowanych haplotypów.
Edycja genów A578S
Przeprowadziliśmy inżynierię nukleotydową palca cynkowego, konstrukcję plazmidu i edycję genu linii Dd2 (która została zebrana w Indochinach) z mutacją A578S .5 Ocenialiśmy podatność in vitro na artemizynę z mutacji Dd2 A578S, rodzica Dd2, oraz mutacja Dd2 C580Y (jako kontrola pozytywna), z zastosowaniem testu przeżywalności na etapie pierścienia (RSA) przeprowadzonego w krwinkach czerwonych, które zostały zarażone pasożytem malarii w jego stadium pierścienia (stadium rozwojowe, które jest związane z opornością na artemisinin) dla szacowany od 0 do 3 godzin. Komórki następnie eksponowano na dihydroartemizyninę (główny metabolit wszystkich pochodnych artemisinin), a podatność na lek mierzono po 72 godzinach.
Mapowanie geograficzne
Obliczyliśmy odsetek pasożytów z 3D7, allel typu dzikiego (który jest związany z podatnością na artemisininę) w każdym kraju i zarejestrowaliśmy współrzędne geoprzestrzenne. Aby wygenerować mapy graficzne, interpolowaliśmy dane za pomocą zwykłych metod krigingu (lub regresji procesu Gaussa) lub odwrotnego ważenia odległości. (Szczegółowe informacje na temat metod znajdują się w Dodatkowym dodatku.)
Analiza statystyczna
Dane ilościowe wyrażono jako mediany i zakresy kwartylowe lub jako średnie i przedziały ufności 95%. Zastosowaliśmy test Manna-Whitneya lub testy t niezależnych próbek w celu porównania zmiennych ciągłych i testu chi-kwadrat lub dokładnego testu Fishera w celu porównania zmiennych jakościowych. Uzyskano oszacowania różnorodności nukleotydów, 47 różnorodności haplotypów, 48 i testu D Tajima49 przy użyciu oprogramowania DnaSP, wersja 5,50 Wszystkie podane wartości P są dwustronne, a wartość P mniejsza niż 0,05 została uznana za wskazującą istotność statystyczną. Dane analizowano za pomocą oprogramowania Microsoft Excel i MedCalc, wersja 12.
Wyniki
Pobieranie próbki
Od maja do grudnia 2014 r. Zebraliśmy 14 037 próbek ze 163 stron w 59 krajach. Próbki zawierały 11 854 (84,4%) pacjentów z malarią zamieszkałą w 40 krajach, 1232 (8,8%) od osób z bezobjawowymi zakażeniami w 11 krajach oraz 951 (6,8%) od podróżnych powracających z powodu malarii falciparum z 40 krajów (ryc. S3 w Dodatek dodatkowy). Próbki obejmowały próbki uzyskane od 2450 pacjentów z malarią (2367 mieszkańców i 83 podróżnych), dla których dostępne były dane uzupełniające w dniu 3 (Tabela S3 w Dodatku uzupełniającym)
[hasła pokrewne: leczenie niepłodności, ciąża, USG genetyczne ]

Powiązane tematy z artykułem: ciąża leczenie niepłodności USG genetyczne