Ogólnoświatowa mapa polimorfizmu Plasmodium falciparum K13-Propeller ad

Ryzyko pojawienia się lub rozpowszechnienia oporności doprowadziło do wzmożonych wysiłków mających na celu śledzenie oporności na artemizyninę we wszystkich obszarach geograficznych, na których malaria jest chorobą endemiczną. Zastosowanie wskaźnika molekularnego oporności na artemizynę jest szczególnie aktualne, ponieważ konieczne jest szybkie, szerokie badanie przesiewowe, aby zapewnić wczesne ostrzeganie przed pojawieniem się lub inwazją. Aby ocenić globalną dystrybucję polimorfizmów K13, uruchomiliśmy w 2014 roku badanie K13 Artemisinin Resistance Multicenter Assessment (KARMA), w którym analizowaliśmy pasożyty, które zostały zebrane z regionów, w których malaria jest endemiczna, przy użyciu specjalnego zestawu narzędzi molekularnych i procedur walidacji dla sekwencji dane. Sekwencjonowanie domeny napędowej K13 połączono z analizą flankujących haplotypów w celu ustalenia pochodzenia i rozpowszechnienia konkretnych mutacji. Przeprowadziliśmy edycję genomu, aby potwierdzić fenotypowy efekt najczęstszej afrykańskiej mutacji A578S. Ta ogólnoświatowa ankieta została opracowana w celu dostarczenia kluczowych informacji dla decydentów narkotykowych oraz w celu zarysowania metod przyszłych działań w zakresie nadzoru.
Metody
Projekt badania, pobieranie próbek i nadzór
Badacze z Institut Pasteur w Paryżu i Kambodży zaprojektowali badanie koordynowane przez oddział w Kambodży. Zgodnie z projektem badania, badacze planowali przeanalizować 200 próbek krwi pozytywnych dla P. falciparum, które zostały zebrane od 2012 r. I aby przekazać próbki krwi, produkty K13 uzyskane w badaniu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) lub dane dotyczące sekwencji K13 ( Rys. S1 w Dodatku Uzupełniającym, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie). Strony, które miały niewiele dostępnych próbek lub próbek, które zostały zebrane przed 2012 r., Zostały uwzględnione, jeśli znajdowały się w regionach, w których różnorodność K13 nie została udokumentowana. Badanie zostało zatwierdzone przez krajowy lub instytucjonalny komitet etyczny lub inny właściwy organ w każdym miejscu, a wszyscy badacze podpisali deklarację etycznego rozliczenia.
Próbki pobierano od pacjentów zgłaszających się do leczenia w ośrodkach zaangażowanych w krajowe badania przeciwmalarycznej lekooporności, od pacjentów włączonych do badań skuteczności terapeutycznej, 23 od bezobjawowych uczestników, którzy byli włączeni do programów nadzoru, oraz od podróżnych powracających do Europy z malarią. Badacze z Institut Pasteur w Kambodży zebrali wszystkie materiały biologiczne i wykonali analizę sekwencji i haplotypów K13; przeprowadzili również analizy kontroli jakości, a także potwierdzili dokładność i kompletność danych molekularnych. Badacze, którzy przeprowadzili badania skuteczności terapeutycznej, gwarantują dokładność i kompletność danych klinicznych. Sponsorzy nie mieli żadnej roli w projekcie badania ani w gromadzeniu lub analizie danych. Nie było porozumienia o poufności między sponsorami a śledczymi.
Genotypowanie
Institut Pasteur w Kambodży dostarczył odczynniki, zaślepione próbki kontroli jakości i standardowe procedury operacyjne jako zestaw narzędzi K13 (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Przeprowadzono odpowiednio ekstrakcję DNA i amplifikację domeny łańcucha K13 (kodony 440-680, 720 bp) 24. Produkty PCR zostały zsekwencjonowane przez Macrogen
[patrz też: dieta w ciąży, USG ciąży, Warszawa ginekolog ]

Powiązane tematy z artykułem: dieta w ciąży USG ciąży Warszawa ginekolog